Come mascherare il carattere di escape - " all'interno di una stringa

Sto affrontando una piccola difficoltà con un Syntax Highlighterche ho creato ed è completo al 90% . Quello che fa è che legge nel testo dall'origine di un file .java, rileva le parole chiave , commenti , etc e scrive un output (colorato) in un file HTML. L'output di esempio da esso è:

(Non ho potuto caricare un'intera pagina html, quindi questo è uno screenshot.) Come, spero, puoi vedere, il mio programma sembra funzionare correttamente con keywords, literals e comments (vedi sotto) e quindi può normalmente documentare quasi tutti i programmi. Ma sembra rompersi quando memorizzo la sequenza di escape per " cioè \" all'interno di un String. Un caso di errore è mostrato di seguito:

L'evidenziazione letterale della stringa non si ferma alla fine del letterale, ma continua fino a trovare un altro spunto, come una parola chiave o un altro letterale.

Quindi, la domanda è come faccio a mascherare / nascondere / rimuovere questo \" dall'interno di un String?

Il metodo stringFilter del mio programma è:

public String stringFilter(String line) {
    if (line == null || line.equals("")) {
        return "";
    }
    StringBuffer buf = new StringBuffer();
    if (line.indexOf("\"") <= -1) {
        return keywordFilter(line);
    }
    int start = 0;
    int startStringIndex = -1;
    int endStringIndex = -1;
    int tempIndex;
    //Keep moving through String characters until we want to stop...
    while ((tempIndex = line.indexOf("\"")) > -1 && !isInsideString(line, tempIndex)) {
        //We found the beginning of a string
        if (startStringIndex == -1) {
            startStringIndex = 0;
            buf.append( stringFilter(line.substring(start,tempIndex)) );
            buf.append("</font>");
            buf.append(literal).append("\"");
            line = line.substring(tempIndex+1);
        }
        //Must be at the end
        else {
            startStringIndex = -1;
            endStringIndex = tempIndex;
            buf.append(line.substring(0,endStringIndex+1));
            buf.append("</font>");
            buf.append(normal);
            line = line.substring(endStringIndex+1);
        }
    }

    buf.append( keywordFilter(line) );

    return buf.toString();
}

MODIFICA

In risposta ai primi commenti e risposte, ecco cosa ho provato:

Un frammento da htmlFilter(String), ma non funziona : (

    //replace '&' i.e. ampersands with HTML escape sequence for ampersand.
    line = line.replaceAll("&", "&");

    //line = line.replaceAll(" ", " ");
    line = line.replaceAll("" + (char)35, "#");

    // replace less-than signs which might be confused
    // by HTML as tag angle-brackets;
    line = line.replaceAll("<", "&lt;");
    // replace greater-than signs which might be confused
    // by HTML as tag angle-brackets;
    line = line.replaceAll(">", "&gt;");

    line = multiLineCommentFilter(line);


    //replace the '\\' i.e. escape for backslash with HTML escape sequences.
    //fixes a problem when backslashes preceed quotes.
    //line = line.replaceAll("\\\"", "&#92;&quot;");
    //line = line.replaceAll("" + (char)92 + (char)92, "&#92;&#92;");
    return line;